На экранах мониторов можно заметить стандартные консоли и файлы с названиями вроде crovosos, limansk и т. п.

Город Лиманск создавался по реальным фотографиям Киева, есть там один район, рядом с метро Черниговская. Разработчики игры специально туда ездили и фотографировали дома. Им хотелось видеть Лиманск не городом перестройки, а этаким «пятидесятником», как будто застрявшим в середине столетия. Здесь и реальная детская площадка. И уличные почтовые ящики. И даже таблички на домах.

В Shadow of Chernobyl Призрак говорит, что Клыка застрелил наёмник с «Винторезом» и шрамом на лице. Есть мнение, что это Шрам. Но существует одна нестыковка: в приквеле командир "Чистого Неба", Лебедев, говорит, что он пошлет своих ребят убрать Клыка и Призрака, а Шрама посылает в погоню за Стрелком через Лиманск. Он говорит: "С этими двумя мы справимся сами". Видимо, у Шрама в Зоне есть близнец. Или просто похожий сталкер, или у него раздвоение личности.

На Военных складах в Деревне Кровососов внутри водонапорной башни в «Чистом Небе», лестница железная-приставная, просто привареная к стене. А В «Shadow of Chernobyl» лестница винтовая, с пролетами.Видимо трудолюбивые ребята из Свободы отковыряли старую лесенку,а поставили новую,чтобы легче было ходить,вобщем целый год не сидели сложа руки...

В Лиманске, в одном из подвалов можно найти настоящую Машину времени!

На карте Зоны «Shadow of Chernobyl» рядом с Кордоном расположен завод «Росток», а в «Небе» на его месте находятся Болота. «Ростком» условно считается территория вырезанного из приквела Бара. Изначально Болота планировали севернее «Ростка». На карте «Теней» можно найти очертания локации.

В оригинале, когда Меченый приходит к Сахарову и спрашивает о Стрелке,учёный говорит,что знать не знает о таком Сталкере. А в «Чистом Небе» в ответ на вопрос Шрама о Стрелке Сахаров рассказывает как Стрелок стырил у него прототип пси-шлема. Если учесть, что Меченый и Стрелок — это одно и то же лицо, то получается, что Сахаров страдает амнезий в последней ее стадии. Иначе как он мог забыть человека, который потерял результат его трудов?

В районе НИИ «Агропром», где обосновалась группировка «Долг» играет музыка из других проектов GSC — «Герои уничтоженных империй» и «Казаки 2».

На АТП, над аркой, в оригинале висела табличка «Автокооператив „Локомотив“». В «ЧН» эта же табличка гласит: Регистрация «маршрутов».

На базе нейтралов на Кордоне с двумя фермами сталкеры укрепились основательно:забарикадировались кучей ржавых машин,приволокли уйму разных вещиц,поставили двери,даже ковёр повесили над кроватью. Через год на этих фермах не остаётся ничего. Голые стены, и несколько сталкеров.Видно случилось нападение гигантских бешеных плотей.

На локации НИИ «Агропром»,на базе Долга, можно найти здание, в котором располагаются чучела всех мутантов, в том числе и чучело гигантской кошки. Хотя эту кошку разработчики из игры вырезали. В Чистом небе также как и в Тенях Чернобыля встречаются головы химер в виде трофеев,висящих на стенах.

На НИИ «Агропром», на базе «Долга» раздается голос, призывающий вступить в клан. Это голос бармена из "100 рентген".Но ни бармена,ни бара в игре нет.

В игре говорится, что напарник Стрелка, Клык, покупал у диггеров специальные осветительные приборы. Однако не говорится зачем. Есть мнение, что группа Стрелка собиралась идти через подземелья Припяти. Локация действительно планировалась, но в итоге была вырезана из игры.

В игре есть хороший способ заработать деньги.Можно вступить в Долг,затем вступить к нейтралам,и опять в Долг и опять к нейтралам и т.д. И каждый раз вы будете получать бонусы,которые можно продать,Долг например даёт свою курточку,стоит она 8 тысяч... Точно такую же штуку можно проделать с Бандитами и Свободой.